Při provozu denitrifikačního zařízení SCR je třeba dodržovat následující kroky:
1) Před spuštěním zkontrolujte, zda všechny součásti systému správně fungují, zejména systém vstřikování čpavku a katalyzátor;
2) Upravte rychlost vstřikování čpavku podle průtoku spalin a koncentrace NOx, snižujte únik čpavku pod 3 ppm;
3) Pravidelně monitorujte aktivitu katalyzátoru. Když účinnost denitrifikace klesne pod 85 %, zvažte výměnu nebo regeneraci katalyzátoru;
4) Při vypínání nejprve zastavte vstřikování čpavku a poté vypněte systém. Zvláštní pozornost by měla být věnována riziku úniku amoniaku během provozu; musí být zaveden kompletní poplachový a nouzový systém.